Program Studi Matematika ITK didirikan berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 65/M/Kp/III/2015. Program Studi Matematika berada di dalam Jurusan Matematika dan Teknologi Informasi. Program Studi Matematika telah menyelenggarakan perkuliahan dari tahun 2013 dengan bertempat di Institut Teknologi Sepuluh Nopember, Surabaya, hingga tahun 2014. Mulai pada tahun 2015, Prodi Matematika telah aktif dan mandiri menyelenggarakan pendidikan di kampus ITK, Balikpapan dan telah terakreditasi C sesuai Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 387/SK/BAN-PT/Akred/S/II/2018.

Matematika ITK merupakan program studi yang mempelajari dan mengaplikasikan konsep matematis untuk mengembangkan keilmiahan dan menghasilkan kontribusi dalam bidang sains, teknologi, keuangan, asuransi, lingkungan, kesehatan, ekonomi industri, dan dunia Pendidikan Prodi Matematika memiliki 2 (dua) bidang keahlian yaitu, Matematika Terapan, serta Analisis dan Aljabar.